农畜产品加工研究所成立于2012年，组建于2015年，主要围绕我区特色牛羊肉产品、传统乳制品、特色杂粮产品开展加工研发，同时开展农畜产品保鲜及特色野生植物资源的利用。通过精深加工技术、品质分析与营养学评价、贮运保鲜及副产品综合利用、新型营养与功能性食品开发研究，助力内蒙古农牧业高质量发展和乡村振兴。

“十三五”以来，秉承问题导向，旨在解决自治区农牧业产业发展中存在的关键和瓶颈问题，努力为自治区农牧业产业化做好科技支撑。积极申报国家、自治区农畜产品加工领域相关项目，与有关国内外大学、科研单位及企业建立了良好合作关系，主动与各级农牧业主管和技术部门合作，不断融入农牧业产业经济，开展联合攻关，帮助企业解决技术和生产中的急难愁盼问题。截止2021年底，承担国家自然基金、国际合作项目、自治区科技计划等各级各类项目20余项，总经费690余万元。发表论文22篇，其中SCI 3篇；获得专利9项、软件著作权4项；发布地方标准4个，参编书籍3部。

现有“农畜产品加工技术、新型营养与功能性食品研发、农畜产品品质分析与营养学评价、贮运保鲜技术及副产物综合利用”4个重点研究方向；内设办公室及5个研究室（肉制品加工研究室、乳制品加工研究室、粮油加工研究室、果蔬加工研究室、食品营养与健康研究室）。共有11人，其中科研人员10人，工勤人员1人。编制内7人，编外聘用4人。其中，副研究员及以上6人，助理研究员2人，研究实习员1人，博士学历5人，硕士学历2人。客座副教授1人，拟柔性引进高层次人才2人。